কুষ্টিয়া শাহী মসজিদ মোঘল আমল থেকে এই অঞ্চলের সমৃদ্ধ সাংস্কৃতিক ঐতিহ্য সাইন বহন করে। কুষ্টিয়া মীর মোশাররফ হোসেন (১৮৪৭-১৯১২), বাঘাযতীন(১৮৭৯-১৯১৫) এবং লালন ফকিরের (১৭৭৪-১৮৯০) সহ অনেক ঐতিহাসিক মানুষের জন্মস্থান। নোবেল বিজয়ী কবি রবীন্দ্রনাথ ঠাকুর এই জেলার শিলাইদাহ (Shelaidaha) তার জীবনের একটি অংশ বসবাস করেন এবং সেখানে বসবাস করার সময় তার স্মরণীয় কবিতা কিছু তৈরি। তবে, ব্রিটিশ শাসনের সময় কুষ্টিয়া পৃথক একটি জেলা ছিল না - এটা (এখন পশ্চিম বঙ্গের) নদীয়া জেলার অংশ ছিল। কুষ্টিয়া পৌরসভা ১৮৬৯ সালে প্রতিষ্ঠিত হয়।
ইতিহাস পড়ে যা বুঝা যায় মুঘল আমল থেকেই এই জেলা উন্নত। একটি নদী বন্দর সম্রাট শাহজাহানের রাজত্ব কালে জেলার জীবনমান উন্নত করেছিল। ব্রিটিশ ইস্ট ইন্ডিয়া কোম্পানির পোর্ট ব্যাপক ব্যবহার করা হলেও নীল রোপনকারীতে এবং ব্যবসায়ীদের পৌরসভা হত্তয়াই, শুরু করেন এইখানে বসতি। একটি রেল সংযোগ, কলকাতা সঙ্গে ১৮৬০ সালে তৈরি করা হয়েছিল। শহরে মিল এবং কারখানার জন্য একটি লোভনীয় অবস্থান তৈরি করে ব্রিটিশ ভারত। সেই সময় কুষ্টিয়াকে (তখন নদীয়া) রাজধানী হিসেবে গড়ে তুলে। এর সাথে যুক্ত হয় যজ্ঞেশ্বর (Jagneswar) ইঞ্জিনিয়ারিং ওয়ার্কস (১৮৯৬), রেনউইক এবং কোম্পানি (১৯০৪) এবং মোহিনী মিলস (১৯১৯)।
১৮৬০ সালে, নীল বিদ্রোহ বঙ্গ প্রদেশ জুড়ে ছড়িয়ে পড়ে । কুষ্টিয়া জেলার নীল বিদ্রোহী প্যারীসুন্দরী এই আন্দোলনে অগ্রদূতের অন্যতম। সরকারের ট্যাক্স পরিশোধ করা থেকে বিরত থাকুন কুষ্টিয়া সব নীল কৃষকদের অনুপ্রাণিত করে। পরবর্তীকালে, নীলকমিশন রিপোর্ট প্রকাশনার সঙ্গে, একটি আইন নিষিদ্ধ পাস হয় নীল চাষ এবং পরিমাপ জন্য কৃষকদের বল প্রয়োগ আন্দোলন শেষ করেন।
১৯৪৭ সালে ভারত বিভাগের সময়, কুষ্টিয়া, কুষ্টিয়া সদর, চুয়াডাঙ্গা ও মেহেরপুর মহকুমা গঠিত, একটি পৃথক জেলা করা হয়। কুষ্টিয়া শহরে আবার (এছাড়াও জিকে প্রকল্প নামে পরিচিত) গঙ্গা-কপোতাক্ষ প্রকল্প প্রতিষ্ঠার সদর দপ্তর এবং সরকারী অফিস একটি সংখ্যা সঙ্গে ১৯৫৪ সালে উন্নয়নের জন্য আকর্ষণীয় হয়ে ওঠে। জিকে প্রকল্প ১৯৬২-১৯৬৩ জন্মায় এই প্রকল্পের অধীনে প্রথম ফসল সঙ্গে, একটি বড় পৃষ্ঠ সেচ ব্যবস্থা করা হয়।
কুষ্টিয়া জেলা বাংলাদেশের স্বাধীনতা যুদ্ধ উল্লেখযোগ্য অবদান ছিল। পাকিস্তান সেনাবাহিনীর ২৭ বালুচর রেজিমেন্টের একটি ১৪৭ সদস্যের কোম্পানী যশোর সেনানিবাসে তার বেস থেকে মার্চ ২৫ ১৯৭১ কুষ্টিয়া পৌঁছেছেন। তারা প্রথমে স্থানীয় পুলিশ স্টেশন দখল করে এবং সেখানে একটি ফাঁড়ি নিষ্পত্তি, কিন্তু শীঘ্রই পুলিশ, আনসার, ছাত্র এবং স্থানীয় মানুষের একটি গ্রুপ থেকে যথেষ্ট প্রতিরোধের সম্মুখীন। ১ এপ্রিল, পাকিস্তানি সেনাবাহিনী সম্পূর্ণ দমন করা ক্ষমতা ছিল (overpowered) কিন্তু পরাজিত করে মুক্তি বাহিনী কুষ্টিয়া নিয়ন্ত্রণ গ্রহণ করে। পরে এপ্রিল ১৭, ১৯৭১ বাংলাদেশ সরকারের মধ্যে নির্বাসিত আনুষ্ঠানিক ভাবে বৈদ্যনাথতলা (Baidyanathtala) এ স্বাধীনতা ঘোষণার ঘোষণা করেন। পরবর্তীকালে, পাকিস্তান সেনাবাহিনী ও বিদ্রোহীদের মধ্যে যুদ্ধ কুমারখালী উপজেলার বংশীতলা (Bangshitala), ও দৌলতপুর উপজেলা সহ জেলার অনেক স্থানে ঘটেছে।
বাংলাদেশের স্বাধীনতার পর বিভিন্ন উন্নয়ন প্রকল্প কুষ্টিয়া জেলার গ্রহণ করা হয়। কুষ্টিয়া ও ঝিনাইদহ জেলার শান্তিডাঙ্গা পাড়া অধীনে দুলালপুর - নভেম্বর ২২, ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, ১৯৭৯ ভিত্তিপ্রস্তর হয়। তবে, ১৯৮২ সালে বিশ্ববিদ্যালয় গাজীপুর স্থানান্তরিত হয় এবং ছাত্র ভর্তি ১৯৮৫-৮২ এর সময় শুরু করেন। পরে জানুয়ারী ১৯৯০-১০, বিশ্ববিদ্যালয় ফিরে শান্তিডাঙ্গা দুলালপুর তার মূল স্থানে স্থানান্তরিত হয়। ১৯৮৪ সালে, কুষ্টিয়া দুই উপজেলা: চুয়াডাঙ্গা ও মেহেরপুর আলাদা জেলা নামকরণ হয়েছে।